中心实行理事会领导下的中心主任负责制，建有商业发展战略与政策研究、内外贸一体化研究、商业新技术应用与推广、电子商务研究、商业金融创新研究、新型商业模式研究、城市商业布局研究、市场体系建设研究等八个知识服务团队。中心下设商务经济研究所、供应链管理研究所、时尚产业研究所、中华儒商文化研究所、流通食品安全研究所等五个研究实体。中心积极探索人才柔性流动机制，以质量和贡献作为人才的评价标准，初步形成了跨学校、跨学科大平台多中心的运行模式，充分发挥协同创新的人才、学科和资源优势。